原因が不明なのですが、解明するのが難しいのでひとまず不明ということで終わりにします・・・。
最下位の国が押し出されたわけでなく、南瓜が消えたというのが問題解決の糸口だとは思うんですがその後再現もしていないようなのでひとまずこういう対処でおしまいとさせてください。

ひとまずバックアップデータを手動で操作して南瓜連邦を復活、８６５２ターンへ巻き戻しを行いました。
バックアップデータ適用後の更新作業では南瓜連邦の消滅とバーミンガムの多重化が確認されていないので、8649から8652あたりまでにかけて行われた何らかの操作がデータに影響し、異変を招いたものとみられます。

定期輸送システムはまだ未実装段階なのですがこれを既に利用しようと試みた国はありますか？
このシステムが影響を及ぼすことは考えづらいのですが・・・。

　現在、我が国が二つ存在しているような状況なのですが、これは私の画面だけに見えているんですかね。（一位と二位二つともバーミンガム共和国となっており、人口や得点が違うバーミンガム共和国が二つ出現）

条件を修正しました。
またこの修正にあわせて現代都市、首都、工業都市はニュータウンからのアップグレードのみに変更しました。

首都機能改良作業時に記述ミスがあったようで、建設系コマンドが全部失敗するようになっていました。
先ほど修正を完了し正常稼動を確認しました。指摘ありがとうございます。

【国名】
ベルカ連邦
【凍結開始日】
5月7日
【凍結期間】
１～２ヶ月程度
【凍結理由】
長期間ネット環境のないところへいくため。
（外洋等）

わかりました。ありがとうございます。

質問なんですが、軍事訓練は数量を複数にすることによって、効果が増えたりするんですか？

軍事訓練コマンドを導入したため、正式に海底基地の廃止に取り掛かります。
現存する海底基地は遅くとも20日頃までには全部破壊されます。
作業の手間を極力分散させるため、陸上基地の建設が進み海底基地を取り壊す用意の整った国は申告してください。

また軍事訓練の効果が弱めであることからレベルの高い海底基地を抱えている場合移行に手間取ることも予想されます。早め早めに移行準備を進めるようお願いいたします。

そうですか、忘れてしまいましたか。
まぁ人間は忘れる生き物です。
素早い返答、ありがとうございました。