こんにちは、はじめまして。

はい、何もしなくても自動で産出されるようになっています。
元々は資源採掘コマンドを手動で実行しないと採掘は行われなかったのですが、後に6ターンごとに自動で採掘が行われる機能が実装されました。
そのため、現在は資源採掘コマンドを手動で入力して実行することはほとんどないと考えてもらって大丈夫です。

炭鉱もウラン鉱も同じ燃料を産出するものですが、ウラン鉱の方が多量の燃料を産出することができます(ただし、ウラン鉱は鉱脈探査成功率が低いため、鉱山の開発・整備に多額の投資が必要となる可能性があります)。
国家の財政に余裕ができてきたら、ウラン鉱に移行すると良いでしょう。

丁寧な回答ありがとうございます。
また新たに質問したいのですが自然人口増加上限とは何なのでしょうか。
あと工業、商業人口10万人あたりそれぞれどのくらい商品を作ったり、売ったりするのですか。

＞自然人口増加上限
各地形での自然に人口が増える上限です。
どのくらいかは忘れましたが、上限に達するとパレードを行うか遊園地が無いと人口が増えなくなります。

＞生産力
正確な数字は公表していない為他国の生産力から類推して頂くしかありません。
一例としてノイエクルスの場合、500万人強の工業人口で2500億Va相当を生産しているため10万人当たり50億Va相当の生産力となります。

近況の中にターンごとの生産高、売上高が表示されるのでそれを参考にして頂ければ大体は推測できるかと思います。

我が国が不況に陥ってしまいましたが、このイベントは偶然なのですか？どのような影響が出るのでしょうか。
また我が国のような後進国が怪獣を倒すのは不可能でしょうか