＞燃料による借款の返済に関して、それは定期輸送によってマグザム共和国に返済額相当量の燃料を輸送する形になるという認識で問題ないだろうか？

はい、そのとおりです。
マグザム共和国に返済額相当量の燃料を輸送する形となっております。

返済の規定は、

トンコ帝国へのウラン鉱山開発支援協定
三条　トンコ帝国が北大路国に負う借款は全て燃料によって返済し、そのレートは資金1000億に対して、燃料1億ガロンとする。

四条　返済の期日及び量は両国間の協議によって決定する。

この2点がベースとなっております。

＞草案について我が国としては特に異論はない。
と返事を受けておりますが、この内容で締結に至ってよろしいでしょうか。

諸事情により返答が遅れたことをお詫びする。
我が国としてはこの内容で問題ない。