実害のあるバグではないのですが、
ターンの進み方がおかしいように思えます。

１０３２３期の次が１０３２９期、その次が１０３３２期になっています。

バグではないです。統計関連の処理を追加した際、5ターンほど試験のためにターンを進めましたが、その際ログの記録が行われませんでした。
ですので処理自体は正常に行われています。

最終更新時間が変わっていないのに
ターンが１つ進んでいるのを確認しました。

管理人のほうで何かシステムの変更などを行っているのでしょうか？

色々新しい機能を実装するためにターンを進めたりするのは良くあるので気にしないでください。
ついでにデータの巻き戻しもたまにありますが、新しい機能が近づいてるんだと思ってください。

前回の新規コマンド実装時もそうでしたが
予告もなく唐突に実装した結果、自分の意図する命令とは違うものを実行しているケースが発生しています。

プログラムの特性上、配列の要素を読み取っていると思いますが
実装後も影響の出ない配慮をお願いします。

コマンド数の関係から、既存コマンドを整理しないと新規コマンドを実装できない場合があります。
できる限り配慮はしますがコマンドの並び順を整える上でもコマンド番号の変更は避けられないことがあるとお考えください。

ゲーム画面に入ろうとすると、「Parse error: syntax error, unexpected T_VARIABLE, expecting T_FUNCTION in /home/tanstafl/www/trade/config.php on line 290」

と表示されます。

資源保有量のゲージ修正に伴う一時的な措置です。
今までの資源保有量ゲージは非常に大雑把な形でしか保有量が分からず、また資金以外の資源に関しては実情から乖離した仕様になっていました。
今後は最大資源保有量に対する保有資源量が ～5％⇒赤　～20％⇒オレンジ　～50％⇒黄土　～80％⇒緑　～100％⇒青　の形で表示されます。