バグの原因が判明しました。

過去に面積表示を変更した際、内部データも桁数を減らしました。
例えば２６万平方キロだった場合、元々のデータは２６０で記録されていましたが現在は２６で記録されます。
しかし埋め立て、掘削時の処理は桁数を減らす前の処理のままでした。
このため１マス（＝0.1万平方キロ）の掘削or埋め立てがシステム上10マス（＝1万平方キロ）の掘削or埋め立てとして処理されていました。

さらに面積は毎ターンの終わりに再計算しているため表示上おかしい値が現れることはありません。
ただ地盤沈下の処理は再計算の前に行っていたのでここでのみ問題が発生していました。
さらに一気に造成を行って10マス以上の土地を作るような場合でも無い限り制限に引っかかることはなかなか無い事、発生確率が15％で常に発生するわけでは無い事が発見が遅れた原因です。

というわけで修正を完了し設定を戻しました。
皆様にはご迷惑おかけしたこと、お詫びします。ブリュノールには何度かの実験に付き合っていただきありがとうございました。

なお実証実験を繰り返したためコマンドが消えている国がいくつかあるかと思われます。貿易の混乱も予想されますので今一度ご確認ください。